腺病毒基因组是一条约36kb的线性双链DNA(dsDNA)分子。基因组的两个末端被称为Inverted Terminal Repeat(ITR)，末端之间含有腺病毒DNA复制所需基因。在病毒DNA复制周期早期表达的基因，称为早期基因，主要有4个，按表达先后顺序依次是E1、E2、E3、E4。在病毒DNA复制周期晚期表达的基因，称为晚期基因，主要有5个，按表达先后顺序依次为L1、L2、L3、L4、L5。为了制备出自我失活的重组腺病毒，E1基因会被删除，使重组腺病毒成为一种安全的基因运输工具。为了增加包装能力，E3基因也同时被删除，因为E3基因产物会提高宿主的免疫反应，而且对病毒生产不重要。缺失了E1和E3基因的腺病毒基因组序列被克隆到质粒上构建成腺病毒载体。E1基因片段被整合到293细胞基因组中，包装病毒颗粒时，Pacl消化的腺病毒载体转染到表达E1基因的293细胞。E1基因激活了其他早期基因和晚期基因的表达，这些基因表达产物和Pacl消化的质粒DNA组装成病毒颗粒。